北京医药行业协会于2000年8月经市民政局批准，2001年4月正式挂牌成立，是依照国家有关法律法规自愿组成的自律性、非营利性的社会团体。协会以北京地区医药、医疗器械工商企业、相关科研、大专院校单位为会员，现有会员600多家。协会下设中药、化学制药、生物制药、医疗器械、医药商业、原料药六个分会，以及中药饮片、义齿、制药工程技术和连锁药店四个专业委员会。协会以“团结、创新、引领、服务”为方针，坚持服务宗旨，勤奋履职，获得各界好评。2010年被北京市民政局首批评定为“5A”级社会组织,2015年和2020年协会两次都通过市民政局“5A”级复评，连续确定了协会“5A”级社会组织称号。2010年3月经市人社局批准，注册成立了北京市第二十六（医药）职业技能鉴定所，2013年鉴定所被北京市民政局评定为“5A”级社会组织。2010年7月，为了积极开展地区经济技术合作，成立了华北、东北、海南九省市医药行业协会联盟，联盟秘书处设在北京医药行业协会。2017年1月协会被市民政局评选为“北京市社会组织诚信建设行示范单位”。2018年6月，协会党支部荣获“北京市社会领域先进基层党支部”称号。2021年获得北京社会组织信用促进会、北京社会组织管理中心颁发的社会组织信用评价等级A级称号。
北京医药行业协会的业务范围：
（一）宣传贯彻国家法律、法规和医药行业的方针、政策，并协助政府组织实施。
（二）积极开展调查研究，向政府反映会员、行业的呼声、愿望和要求，维护会员合法权益；参与有关行业发展、行业改革以及与行业利益相关的政府决策论证，提出有关经济产业政策和立法方面的建议，参加人大、政府举办的有关听证会。
（三）根据行规行约，制定本行业质量规范、技术规程和服务标准，参与地方或者国家有关行业产品标准的制定。
（四）开展全市医药经济统计及其他政府委托的有关事项，建立信息网络，收集、整理国内外有关医药的科技、经济、管理等信息，编辑出版会刊等信息资料，开设协会网站，为会员提供信息服务。
（五）接受政府委托或针对行业发展需要举办、承办或组团参加与本行业相关的展览会、博览会、论坛，提高北京医药企业和产品的市场竞争力。
（六）组织开展职业培训和职业技能竞赛，提升行业职工综合素质；广泛开展科技咨询、科技交流、科技合作、科技服务，推广国内外新技术、新成果，促进产学研一体化，推动行业的科技创新和科技进步。
（七）加强与国内外同行业协会及相关组织的联系，广泛开展与国内外行业间的技术、经济和管理方面的交流与合作。组织对外考察、学习交流和培训研讨等活动。
（八）制定并监督实施本行业的行规行约，规范行业行为，推动行业的社会责任和诚信体系建设，建立会员诚信档案，树立优良的职业道德风气；协调会员和会员之间，会员和非会员之间，会员与消费者之间的关系，维护公平竞争，维护会员共同利益。
（九）承办政府机关、社会团体委托的其他工作。
