北京健康管理协会成立于2007年12月25日，由北京市体检中心、北京同仁医院、北京九华医院投资管理有限公司等8家单位发起，经北京市民政局批准成立的行业性、非营利性社团组织，现有团体会员271家。协会业务主管单位是北京市卫健委，登记管理机关是北京市社会组织管理中心。
北京健康管理协会是以北京地区从事健康体检服务的医疗机构为主体，同时吸纳健康教育、信息网络以及健康相关服务产业等机构组成的行业协会，以行业代表，行业自律、行业管理、行业协调、行业服务为宗旨，共同遵守国家法律、法规和政策，遵从社会道德风尚；协助政府主管部门加强本行业管理，建立并完善行业相关质量标准和服务体系，规范行业行为维护市场秩序，促进公平竞争;为会员单位提供信息交流、技术推广、品牌推介等方面的服务，带动学术发展；建立协会内外部沟通机制，维护协会会员和本行业利益，协会会员与政府、社会之间的关系；发挥桥梁、纽带和服务作用，推动北京地区健康管理事业的可持续发展，为提高首都人民健康水平，为建设和谐健康市做出积极贡献。
北京健康管理协会工作得到政府主管部门的高度认可，继2011年北京市民政局社会组织评估中被评为四A级社会组织，2016年被评为社会组织的最高级别五A级社会组织，标志着本协会在基础条件、内部治理、工作绩效、行业管理、财务管理、社会评价等各方面均达到了较高水平。协会先后荣获北京市民政局、北京市人力资源和社会保障局、“北京市先进社会组织”、北京医师协会“医师定期考核工作先进奖”、北京医师协会全科医师分会“百场万人讲座优秀组织奖”等称号，中共北京市社会事业领域行业协会联合委员会颁发的“党建工作先进单位”、“扶贫抗疫先进单位”，中华预防医学会指定的“国家慢病健康管理-癌症筛查与早诊培训项目”北京市技术负责单位，以及中国产学研促进会、中华医学会、北京医学会颁发的多个奖项。
北京健康管理协会积极发展分支机构，截至目前已有11个分支机构，协会定期召开分支机构工作会议，加强协会与分支机构及分支机构间的沟通交流，规范管理，促进分支机构积极开展工作。
