成立于1950年，是西南地区主要从事化学药物研究开发的专业研究开发的高科技型企业。2001年，作为重庆市首批改制科研院所之一，由上海复星医药产业发展有限公司与重庆化医控股（集团）公司合资组建成立重庆医药工业研究院有限责任公司(以下简称“重庆医工院”)。2019年9月，重庆药友制药有限责任公司全资控股重庆医工院。
经过数十年的发展，重庆医工院已经建成了从创新药物开发、合成工艺研究、制剂处方工艺研究、分析方法学研究、药理毒理评价等完整规范的药物研发体系。结合药品产业的不断发展，契合创新研发的需求，2019年4月医工院搬迁至江北两江高端生物医药产业园，依托药友大产业的资源优势，推动医工院由仿到创的逐渐转型。
重庆医工院用于研发的实验室总面积为7000多平方米，配备具有国际先进水平的分析检测设备，拥有各类仪器设备1000多台。
近十年，累计申请中国发明专利270余件，PCT专利24件，国外专利37件，获得中国专利授权76件、国外专利授权20件。
近二十年，完成国家“七五”、“八五”攻关项目、“863”计划项目及重庆市重点攻关项目、科技计划项目200余项，获得国家、省部级科技成果奖30余项，并承担了国家“十一五”、“十二五”重大新药创制项目7项、国家重大科技成果转化项目1项。80%以上的科研成果转化为生产力，累计创造工业产值超过100亿元，取得显著的社会效益和经济效益。
重庆医工院被认定为国家高新技术企业、国家企业技术中心（复星医药所属）、国家知识产权优势企业、重庆市创新型企业、重庆市化学制药工程技术研究中心、重庆市新型药物递释系统工程技术研究中心、重庆市博士后科研工作站。
面对未来的机遇和挑战，重庆医工院将秉承“合作Cooperation、专业Professional、责任Responsibility、创新Innovation”的企业精神，坚持以创制具有自主知识产权的新药为主线，实施人才战略、创新战略、国际化战略。通过打造新药研发特色技术平台，建立仿创并重、规范化、专业特色突出、国际主流市场认可的新药研究开发体系与产业化试验实施体系，构建国内优质、与国际接轨、以医药技术研发为驱动力的高科技型企业。
