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研究院始建于1930年，前身为原国民政府中央工业试验所，是国内历史最久、学科最全、标本收藏最多的省级中药专业研究机构。全院占地160亩，总建筑面积约4.8万平方米。
全院设有10个研究所（中心），7个国家级科技服务平台。建有1个博士后工作站、3个国家重点学科和19个省部级以上科技平台，形成了从资源研究到产品开发的中药全产业链科技服务体系。2017年，作为全国11家省级中医药科研机构之一获批纳入国家中医药传承创新工程建设单位。
经过90余年的积累、奋斗和改革创新，研究院已成为重庆市中药行业产业发展的重要技术支撑力量。在中药（民族药）资源、中药种植（养殖）领域，先后培育出了“渝青1号”（青蒿）、“渝蕾1号”（金银花）、“苕葛1号”（葛根）等21个中药材新品种。在中药新药及大健康产品开发领域，先后开发了地奥心血康、肝康宁、白血宁、火把花根片、甲基斑蝥胺片、还少丹、复脉定等60余个中药新产品，受企业委托开发新药及各类产品数百个，推广科技成果300余项。在中药质量标准领域，牵头起草了道地药材-川黄连、云木香以及中药材商品规格等级-黄连、前胡等国家团体标准20余项以及药用植物品种鉴定技术规范、良种种子生产技术规程、质量分级等地方标准40余项。在推进产业科技服务领域，指导各中药材主产区县编制了中药材产业规划，推广应用中药材新品种及规范化种植技术130万亩以上。主参编《四川中药志》《重庆药用植物名录》《名贵药材鉴别》等学术专著40余部，在中国国际和中国国内各级刊物发表论文2000余篇，《四川中药志》被誉为“当代本草纲目”。
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