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医院创建于1936年，前身为国立中央高级助产职业学校附设产院，现为南京医科大学附属妇产医院、国家级爱婴医院、省内首家三级甲等妇幼保健院，南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心、南京市妇幼保健计划生育服务中心均设于院内。
医院集保健、医疗、教学、科研为一体，始终坚持“以保健为中心、以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针，常年为群众提供多层次、全方位健康保健和疾病预防诊疗服务。
医院核定床位1500张。现有莫愁路、丁家庄两个院区，其中莫愁路院区总建筑面积10.63万平方米；2024年9月正式启用的丁家庄院区总建筑面积28.17万平方米。 在2023年度全国三级公立医院妇产医院（含妇幼保健院）绩效监测中获最高等级A级；在2023年度全国三级妇幼保健院绩效监测中获最高等级A++级，综合实力稳居全国妇幼健康领域“第一方阵”。
医院以“强专科、精综合”为原则，以女性全生命周期健康管理服务为主线，构筑“围产医学部、儿童健康部、女性健康部、生殖健康部、综合诊疗部、平台学科部”六大部。通过持续强化传统的产科、妇科、新生儿科、麻醉科、产前诊断（遗传）研究室、中医科等重点专科，持续做大做强老牌学科。
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