医院创建于1962年，是我国最早建立的五大临床口腔医院之一，也是南方医科大学口腔医学院、广东省口腔医学研究院、广东省牙病防治指导中心，形成集医疗、教学、科研、预防“四位一体”的三级甲等医院。
医院拥有昌岗院区（总院区）、番禺院区、海珠广场院区、盘福院区，形成了四院区的布局规模。
医院设置有口腔医学各亚专业的临床专科，口腔专科诊疗科目门类齐全。牙周病科是第一批国家临床重点专科；种植修复2002年已全面开展，数字化种植修复技术享誉海内外，牙颌面畸形正畸正颌技术处于国际先进水平，口腔颌面肿瘤治疗与缺损修复重建、牙显微根管治疗、微创拔牙、全口咬合重建、成人复杂正畸、儿童早期矫治、儿童全麻舒适化治疗、数字化综合设计加工平台等技术发展迅速，保持国内领先水平；多学科诊疗团队是华南地区解决口腔疑难复杂疾病的核心力量。
医院拥有国内一流的口腔护理团队，1983年全面开展“四手操作”，1997年实现“一人一机一灭菌”。
口腔医学院口腔医学是一级学科广东省重点学科，博士学位、硕士学位一级授权学科，专业学位口腔医学博士、口腔医学硕士授权点，国家一流本科专业建设点，广东省攀峰重点学科、广东省优势重点学科。获广东省本科高校教学质量与教学改革工程重点项目立项。每年招收博士、硕士研究生近120名，招收五年制本科生120名。
广东省口腔医学研究院开展纳米生物材料促进组织修复再生与神经功能调控等及内在分子机制、电活性生物材料在口腔颌面软硬组织缺损修复重建中的作用、头颈肿瘤免疫靶点及免疫治疗等多个领域的科学研究。按照省级口腔医学重点实验室的标准建设广东省口腔医学研究院盘福科研基地；获得广东省科学技术厅认定建设广东省口腔医学临床转化工程技术研究中心。先后获得广东省科学技术奖、广东省医学科技奖、中华口腔医学会科技奖、中国整形美容协会科学技术创新奖等奖项。
