2018年11月，党中央、国务院正式批准《上海市机构改革方案》，2018年11月11日，上海市委、市政府召开全市机构改革动员会进行动员部署。上海市卫生健康委员会，是上海市人民政府机构改革新组建的单位。
主要职责：
（一）贯彻执行国民健康政策以及有关卫生健康事业发展的法律、法规、规章和方针、政策。研究起草有关卫生健康工作的地方性法规、规章草案，拟订相关政策，并组织实施。
（二）统筹规划本市卫生健康资源配置，编制卫生健康事业发展有关规划、区域卫生健康规划以及各类专项规划，并组织实施。
（三）协调推进深化医药卫生体制改革，研究提出深化医药卫生体制改革政策、措施的建议。组织深化公立医院综合改革，深化管办分开，健全现代医院管理制度。制定并组织实施推动卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化的政策措施，研究提出医疗服务和药品价格政策的建议。协调推进健康服务业发展。
（四）负责疾病预防控制工作，协调有关部门对重大疾病实施预防控制和干预。制定并组织落实传染病和慢性非传染性疾病防治规划、免疫规划及政策措施。对严重危害公众健康的公共卫生问题组织实施监测和干预。依法监测传染病，强化预警机制，发布法定报告传染病疫情信息。逐步增加和完善对部分慢性非传染性疾病的监测，并组织相应的健康服务与管理。组织开展健康教育与健康促进，倡导健康生活方式。
（五）负责卫生应急工作，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，发布突发公共卫生事件应急处置信息，负责在上海举行的重大活动的医疗卫生保障和重大突发事件的医疗卫生救援。健全落实卫生健康行业安全生产责任制，指导协调、监督管理行业安全生产工作。
（六）按照分工，管理卫生健康标准化工作。拟订疾病防治、卫生监督、中医药等方面的规范和标准。组织开展食品安全风险监测评估，依法制定食品安全地方标准，负责食品安全企业标准备案。组织拟订并协调落实应对人口老龄化政策措施，负责推进老年健康服务体系建设和医养结合工作。规划和组织实施本市老年医疗护理服务体系建设。
（七）组织实施国家基本药物制度，根据国家基本药物制度和基本药物目录，组织制定并实施上海市基本药物制度与政策。负责医疗机构的抗菌药物、麻醉药品、精神药品等药品的临床药事管理相关工作以及合理用药监测工作，负责职责范围内医疗器械使用行为的监督管理。完善临床药学服务体系，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警工作。
（八）负责传染病防治、医疗卫生机构医疗服务、妇幼保健、采供血机构及临床用血安全的监督管理，负责职责范围内的职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生安全等公共卫生的监督管理，健全卫生健康综合监督体系。
（九）制定医疗机构、医疗服务行业管理办法并监督实施，建立医疗质量控制、医疗服务评价和监督管理体系。负责医疗卫生机构、卫生健康专业技术人员、医疗技术临床应用、大型医用设备实施资质管理和许可准入。制定并组织实施本市医疗服务规范、标准和卫生健康专业技术人员执业规则、服务规范。加强医疗卫生机构运行监管。会同有关部门制定公立医院绩效考核评价办法，对公立医院绩效考核评价工作进行监督、指导。承担公立医院绩效评价的日常工作并提出初步绩效评价。组织公民无偿献血。负责康复、护理、院前急救、临床重点专科建设等工作。按照分工，负责公立医疗卫生机构党建指导工作，推进全行业精神文明建设和政风行风建设。
（十）负责本市妇幼健康服务体系建设，负责妇幼卫生、生殖健康、出生缺陷筛查和干预等工作。负责计划生育管理和服务工作，开展出生人口监测预警，研究提出人口与家庭发展相关政策建议，完善计划生育政策，建立完善计划生育特殊困难家庭扶助和促进计划生育家庭发展等机制。
（十一）负责本市基层卫生保健、社区卫生、农村卫生工作，规划并推进实施基层卫生服务体系建设，指导社区卫生服务机构和基层卫生保健机构规范建设、运行和服务。推进卫生健康科技创新发展，指导科技成果的转化和推广。负责毕业后医学教育和继续医学教育的管理，协助有关部门指导中等、高等卫生职业教育管理。指导卫生健康人才队伍建设。组织开展卫生健康领域国际交流与合作、与港澳台地区交流合作、卫生援外和对口支援工作。
（十二）指导和协调中医、中西医结合机构的设置和资源配置。承担中医医疗、预防、保健、康复与临床用药的指导、监督和管理。协调、管理国家和上海重大中医药科研项目，开展中医药技术的推广应用。协调推动中医药传承发展，负责各级中医药人才培养计划的制定和实施。
（十三）指导上海市计划生育协会的业务工作。加强对上海申康医院发展中心的业务指导和依法监管。
（十四）完成市委、市政府交办的其他任务。
