北京市体检中心成立于1964年10月，是全国成立最早、政府开办的非盈利性专业体检机构。随着时代的发展，中心工作职能不断增加，主要包括：1.组织管理全市征兵体检、中高考学生体检、公务员录用体检、驾驶员体检、从药人员等专项体检的组织管理以及具体实施工作；2.全市体检质量控制与管理工作；3.面向社会提供健康体检服务；4.开展全市体检标准、规范以及指南等行业质量指导性文件的研究制定，开展健康管理学术研究，体检相关大数据分析等。同时，中心还承担着北京市体检质量控制和改进中心、北京医学会健康管理分会主任委员单位、北京市征兵体检指导中心、北京市卫生健康委医疗质控中心办公室、北京市卫生健康委医疗质控和卫生综合监督协作办公室等多项政府委托业务工作。被评为首都精神文明单位、中华医学会健康管理学会健康管理示范基地、北京市科普教育基地、体医融合健康管理示范基地等。
现有1个总部，1个市级新时代文明实践基地，3个体检分院，1个外出体检分院。中心总部位于北京市西城区北纬路59号，建筑面积2803平方米，为中心行政办公地点，同时也是北京市体检质控中心办公地，并承载北京市征兵体检指导中心的职能实施、体检和健康事业质量管理和培训、健康管理科学研究教学，以及健康管理国际交流基地的职能。
中心体医融合健康管理创新研究示范基地位于北京市东城区朝阳门社区内务部街19号，建筑面积1900平方米。是以健康体检为基础，向健康管理转型的医疗服务机构；北京市体检中心丰台体检部位于丰台区马家堡西路15号时代风帆大厦四层，建筑面积2332平方米；北京市体检中心马甸体检部位于中国科技会展中心B座2层，建筑面积2076平方米；北京市体检中心航天桥门诊部位于海淀区阜成路81号院1号楼，建筑面积2500平方米。
目前中心职工350人，医师86人（高级职称32人，中级职称47人），护士138人，技师28人（高级职称2人，中级职称16人），行政后勤等辅助人员81人。
多年来，中心组织全市征兵体检工作，为部队输送合格兵员超过百万人次；组织中高招体检，服务考生超过千万人次；每年为北京市市民提供健康体检服务10万人次。经过多年的发展，中心已形成“科学规范，诚信敬业；厚德载道，守护健康”的核心价值观，建立并完善了内部质量管理体系，由医务部门牵头，依托中心质量控制专家委员会，形成中心内部三级质控体系，实施定期分层质控。
